假设在一密闭箱子内有一只小鸟在飞，问称箱子质量的时候算不算上小鸟的质量？

不算，（以下均从高中阶段的物理观念理解）
从宏观的角度根据牛顿第三定律，力的作用是相互的，箱子没有对鸟的支持力鸟也没有对箱子的压力。
举个例子，在称量塑料袋中蔬菜的质量时，把塑料袋里的蔬菜拿了出来，向上提了一点（注意不要让蔬菜碰到塑料袋，因为小鸟也没碰到箱子）你发现这时秤上基本上没有质量显示了，显示的只有塑料袋的一丁点。这是从宏观的角度考虑的，因此塑料袋不密封可以忽略。
从微观上说，鸟对空气的压力就类似潜水艇在海中对海的压力一样，但因为空气密度比海水小得多，而且空气很散，体积缩小的空气作用力也弱，因此鸟对空气的压力基本上没有压力，空气对箱子也没有什么压力，亦极小，可忽略。
当然，如果非要深究，那么空气被压缩产生的压力很小，在气体力学中可以算出一个与箱子质量相差极小的总质量。总的来说就是它非常小，若果不给出具体数据，只能视为忽略。

算！因为小鸟飞是因为空气对他有托力，同时空气受到小鸟的压力，而空气的压力则传到了箱子的底部，所以要算。我用的语言可能不太正规，希望你能懂……

算，但不是小鸟的质量因为鸟在飞时质量在消耗,不知道这个回答是不是太严谨了

质量会增大，但增大的量应该是不等于小鸟的质量