马友友最主要演奏乐器是Domenico Montagnana 1733,这是一把在威尼斯组装的大提琴,要价250万美元,拥有270年以上的历史,暱称为Petunia,马友友曾有一次将它遗留在纽约的计程车里。後来找回且并未受损。马友友的另有一把原属杰奎琳·杜普蕾的大提琴,名为Davidov Stradivarius,杜普蕾死後将其传给马友友,但是实际的拥有者仍然未知。除此之外, 他还拥有一把碳纤维制成的大提琴,制作公司为波士顿的Luis and Clark。