可以先开票没有问题，开票的时候税务不管这个，然后叫对方单位出个证明，证明这2个公司是一个公司就行，以后以便万一税务备查。
因为分公司是没有独立核算的，它不是会计主体，所以的账务应该在总公司做。分公司同你会计部一样，是你公司的行政管理部门。
把收入计入总公司，账务处理不要和分公司有关系总公司给分公司的打款，走内部往来分公司做分录借：银行存款 贷：其他应付款-内部往来
