中铁九局总部行政机构16个:办公室、企业发展部、经营开发中心、工程管理部、技术中心、机械设备部、安全质量监察处、海外事业部、财务部、人力资源部、审计监察部、法律事务部、企业文化部、物资管理部、社会事业管理中心。
中铁九局驻国内各办事处:北京办事处、上海办事处、广深办事处、南昌办事处、重庆办事处、济南办事处、成都办事处、郑武办事处、西北办事处。
中铁九局隶属大型工程指挥部:沈哈指挥部、津沈指挥部、杭浦项目部、上海项目部、华南指挥部、阜朝项目部、东边道工程指挥部、长双烟工程指挥部、沈阳地铁指挥部、大连指挥部、洛湛指挥部、福夏客专工程指挥部。
中铁九局作为国有骨干企业,在国家经济建设特别是基础设施建设中,做出了积极的贡献。毛泽东主席、胡锦涛总书记接见过我集团的全国劳动模范田桂英;原副总理邹家华两次视察我集团承建的京沈高速公路工程;中央政治局委员刘琪视察我集团承担的北京地铁工程工地,给全体员工极大的鞭策和鼓舞。