不是所有的蛋白质合成都需要内质网和高尔基体的参与，
一般来讲，那些定位于膜系统（细胞膜和内膜系统）的蛋白，以及需要糖基化修饰和分泌型蛋白是要通过内质网及高尔基体的合成和转运，而定位于细胞质以及细胞核的部分蛋白是在细胞质基质中合成，不需要两者的参与。
这个分拣系统还需要蛋白质本身的信号肽在这一过程中起指导作用。
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合成蛋白质,不需要内质网及高尔基体，蛋白质的合成发生在核糖体，合成的蛋白质在内质网进行加工，通过高尔基体分泌到胞外
细胞质基质中的核糖体合成供给细胞本身用的蛋白质
附着在粗面内质网上的核糖体合成分泌蛋白（也就是要运到细胞外的），然后在内质网中进行初加工，经由囊泡（此时囊泡中是较成熟蛋白）运到高尔基体中进行进一步加工再经囊泡（此时囊泡中是成熟蛋白质）运到细胞膜
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