朱元璋于1356年攻占集庆路后,将集庆改为应天,从此便以应天为根据地向四周扩张,先灭陈友谅,再灭张士诚,最后北伐灭掉元朝,建立大明王朝,可以说南京(应天)就是朱元璋的福地,是明朝的龙兴之地。1368年朱元璋称帝后执政三十一年,到永乐十九年(1421年)正式迁都北京时,南京共作了明朝五十四年首都,相当半个世纪。在这半个世纪里明朝从无到有,从弱小到兴旺发达,因此从感情讲南京都要保留官六部。
明初的官员除了开国功勋是淮西派外,大部分文官都是江南的,他们对南京的感情很深,本位主义思想很重,这也是朱棣非要迁都的一个重要原因。他们在朝中的势力很大,都极力反对迁都,因此保留南京官署六部也是对江南人士的一种妥协。
两京制是我国古代大一统王朝的历史传统,江南又是明朝的经济中心,赋税重地,保留南京官署六部是国家政治需要
由于我国幅员广阔,人口众多,在古代农业社会时期,国家的控制力较弱,一个都城管理起来有些力不从心,地方上容易形成“山高皇帝远”的独立思潮,所以从西周时便开始实行“两京制”。在唐朝以前,“两京”主要是指长安和洛阳,一个是据险而守利于安全固本,一个是经济中心利于控制关东。北宋时变为开封和洛阳,到了南宋时,由于金兵入侵赵构南渡,我国的经济中心便转移到江南地区,到了明朝时江南己经成为全国最发达的地区,三分之一的赋税都收之于江南。
朱棣迁都北京虽然有摆脱江南士人包围的私心,但主要还是为抵御蒙古人的入侵,因此军事作用占的成份较大。北京偏北,作为京都不利于对南方广大地区的控制,保留南京官署六部系统便于控制江南广大地区,尤其是云南、广东等地。
朱棣迁都北京下的决心很早,但等到北京城建设完成已经是永乐十八年了,迁都北京后没过几年朱棣就死了。朱高炽登基后本想重新迁回南京,无奈他只为八个多皇帝便死了,迁回南京之事就些不了了之。
朱棣刚开始是为打仗需要,自己常驻北京,南京交给皇太子朱高炽管,他只带走了部分六部官员,还有许多官员留在南京,当时北京是行在的性质。后来朱高炽又想迁回,直到明英宗时才正式确立北京为首都,
保留南京官署六部是为了后路着想
鉴于宋朝的教训,朱棣在迁都北京时便考虑到,将来北京一旦有失便可立即退回南京,保留官署六部就是为了预防万一。谁知到了明末崇桢帝朱由检对迁回南京之事犹豫不决,最终被困在北京城,最后吊死在煤山歪脖子树上。后来福王朱由崧又在南京建立南明,但这时明朝已经不行了,最终南明经历四帝覆灭。
南京的六部官员虽然是闲职,但也起一定的作用,负责着南直隶的政务和江南的税收,也便于北京政府对江南的管理,特别是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监、提督南京军务勋臣。
总之,永乐帝没有瓦解南京的官署六部系统,不是没有这个能力,而保留下来的政治作用巨大。