农村养老保险(新农保、新农合)跟城镇职工社保不是一个系统里的,没有冲突,劳动合同法规定公司是必须给员工购买社保的,去当地社保局正常办理增容即可,员工要是在外面工作有缴纳社保的话,可以不用再参加农村养老保险了,工作当地开具缴纳证明回家登记即可
要由员工缴费的社保开缴费证明给单位备案