外来微生物入侵想外来生物入侵一样会严重破坏生态平衡、对本地生物物种造成巨大危害。与外来动物或植物不同的是这种危害有可能更为严重，比如如果一种病菌入侵则有可能导致植物或动物病害的严重爆发，产生巨大的社会、经济或人民生命损失乃至物种灭绝。这也是海关动植物检疫重要性之一。
外来物种入侵会对当地自然和人工生态系统造成了显著威胁或破坏；
外来物种入侵可能会对当地社会和经济发展带来不利影响；
外来物种入侵降低了生物多样性及其保护能力；
外来物种入侵导致生态系统单一和退化；
外来物种入侵污染当地的遗传多样性；
外来物种入侵降低火灾和虫害的控制和抵抗能力；
外来物种入侵降低土壤保持和营养改善能力；
外来物种入侵降低水分保持和水质提高能力；
外来物种入侵对人类健康可构成直接威胁。
1、外来物种入侵会严重破坏生态平衡.
2、外来物种入侵可能会对生物构成巨大威胁.
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