A、由于加入E试管中的是S菌的蛋白质，而加入F试管中的是S菌的DNA，因而通过E、F对照，能说明转化因子是DNA而不是蛋白质，A正确；
B、由于加入F试管中的是S菌的DNA，能使部分R菌转化成S菌，所以F组可以分离出S和R两种肺炎双球菌，B正确；
C、加入F试管中的是S菌的DNA，能够进入R菌体内，与R菌的DNA重组，从而指导合成荚膜，所以F组产生的S肺炎双球菌可能是基因重组的结果，C正确；
D、由于只有B、C、F中有活的S菌，所以能导致小鼠死亡的是B、C、F三组，D错误．
故选：D．
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