原因很多，说几个最为重要的。1.转录酶的空间结构，由于酶空间结构的特异性导致5-3；2.合成过程中羟基要发生脱水缩合作用，如果是3-5的话羟基之间会有相互作用阻碍该进程；3.从热力学角度来看，5-3合成要在ATP功能下发生脱水缩合使得5-3成为了热力学上的更容易发生的作用。左后说一点：在生物体内也是会发生极少数的3-5合成，但是由于属于热力学不利反应这样的情况极为罕见。
