一般用生长圈法.
利用一些有特别营养要求的微生物作为工具菌，若待分离的菌在缺乏上述营养物的条件下,能合成该营养物,或能分泌酶将该营养物的前体转化成营养物，那么，在这些菌的周围就会有工具菌生长，形成环绕菌落生长的生长圈。该法常用来选育氨基酸、核苷酸和维生素的生产菌。
初筛1：用选择性培养基，把N源去掉，加入酪素（酪蛋白），其他营养成分照基础培养基就行了，这样，产蛋白酶的菌种能将酪素分解成酪氨酸，就有可利用的N源，不产蛋白酶的菌种不能利用酪素，则没有N源，产蛋白酶的菌种成为优势菌，挑出，换培养基。
初筛2：初筛1所得菌种用透明圈法（蛋白酶水解酪素产生透明圈，直径越大，酶活越高，具体步骤自己找）挑出蛋白酶活力高的菌种，接入摇瓶培养
复筛：初筛2所得菌以福林试剂法测酶活（以Folin染色，测吸光度，具体步骤自己找），酶活最高者为最终菌种.
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