由于和原公司一些制度的问题和一切纠纷让我无法正常辞职，现在我属于没办离职就离开公司了。

1、公司如果未同意你辞职，你的离开不具备法律规定的程序和行为，那么公司确实可以扣留你的公积金和社保，甚至在公司的身份档案；
2、由于你还未与原公司正式接触劳动合同关系，因此到新公司上班后将面临不仅仅是社保、公积金的问题，还有很多比这个更严重得多的法律问题；
3、劳动合同法第三十七条规定劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
4、正常的辞职行为是提前一个月向公司提交辞职申请，然后按照公司的辞职程序办，根据劳动合同法第五十条规定用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。同时用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
鉴于你的实际情况，建议你与原公司协商实现辞职。如果你的离职行为不合法，公司始终不同意给你办理辞职手续，那么建议你向劳动仲裁部门或法院求助，依法只要你承担合理的违约费用就可以顺利地合法辞职。

补充点：在没有离职证明的情况下，新单位再正常情况下是不会与你签订劳动合同，如果签了不仅无效还违法，在工作档案、社会保险等未转移到新公司前，新公司也无权为你缴纳，在原公司提起法律诉讼的情况下，新公司、你自己都面临法定的赔偿责任且无法推卸。

同意一楼的观点，根据劳动合同法的规定，劳动者提前30天通知用人单位即可提前解除劳动合同。也就是说，你同原用人单位不再存在劳动关系。不影响你到新的公司上班。
另外，2011年社会保险法公布，根据劳动合同法及社会保险法的规定，劳动者离职的，用人单位必须办理社保转移手续。
一旦辞职，用人单位坚持错误的做法，你可以直接向当地的劳动监察部门举报或申请仲裁。这样的事情劳动监察部门会依法处理。
合理合法的维护自身的权益，要理直气壮！
当然，你还要看是否同公司签订过竞业禁止协议，从现有的法律体系来看，只有这个协议会影响到劳动者离职的问题。
需要说明的是：竞业禁止协议规定的是对保有公司商业秘密的人在一定期限内不可离职，或离职不得到同业工作，否则面临违约金的处罚；另外，公司如果有证据证明为你支付了培训费，考试费等费用，也会以违约金的方式向你追讨。其它方式的违约金均不合法，即便签署协议也不合法。

社保公积金不可以扣。提前一个月通知离职就行。