有关系。甲方与乙方之间的承包经营协议属于内部协议，仅可以约束甲乙二人。
承包合同意味着，超市的所有者还是甲方，乙方只是按照双方签订的承包合同，负责超市的经营管理，有点类似老板和职业经理人的关系。
乙方发行储值卡，一般会有在承包合同中有约定，而这个约定只能是约束合同双方，对合同之外的第三人没有效力。因此，如果“乙方跑了”，甲方应当对储值卡余额承担兑付或者继续使用的义务，甲方承担责任后，可以按照双方承包合同的约定，再去追究乙方的违约责任。
甲方有连带责任。但可以向乙方追偿。
应该没啥关系，这得具体看合同条款，建议你找个律师事务所咨询下
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