如果是碱基对的插入（insert）、缺失（deletion）（前二者合称indel）是较为严重的突变，因为会造成移码突变（frameshift），会导致插入或缺失位点后的所有碱基顺序错位，因此此后氨基酸排布会完全错乱，从而导致整个蛋白质失去功能。
而替换（substitution）带来的影响一般较小，如果替换后三联体密码子翻译出来的氨基酸和原来的一样（因为密码子具有简并性），那就没什么不同；而如果氨基酸发生了变化也仅仅是这一位点的氨基酸发生变化，不影响之后的氨基酸排序，所以影响也不会很大（但也不排除诸如镰刀形贫血病这样的单点突变造成的严重后果。）
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