主要区别有，意思不同、详细解释不同、引证解释不同，具体如下：
一、意思不同
1、心愿
意思为心中的愿望。
2、祝愿
意思是祝福和希望/愿望的对于一个人的对另一个人的思维。
二、详细解释不同
1、心愿
心中拥有的美好愿望，渴望通过努力，在未来的某一天实现。
2、祝愿
形容（人）对事物的一种迫切的意愿心态。
三、引证解释不同
1、心愿
巴金 《探索集·访问广岛》：
“这次访问 日本 ，我实现了二十年的心愿。”
2、祝愿
巴金《永远向他学习》：
“走出医院的时候，我们衷心祝愿郭老早日恢复健康。”
参考资料来源：百度百科-心愿
参考资料来源：百度百科-祝愿
心愿是名词 强调个人内心自身发出的愿望
祝愿有祝福的意思 往往是针对他人的
祝的基本意思是表示对人或对事美好的愿望..祝你生日快乐等等
祝愿形容（人）对事物的一种迫切的意愿心态。本谓向神祷告,以求实现自己的愿望。后指表示良好的愿望
心愿也是想实现的 是埋在心里的 不必与人细说
心愿：愿望，是名词
祝愿：表示对某人或某些人或事有良好愿望，是动词
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