神九返回时，首先进行第一次调姿抛掉轨道舱，然后进行第二次调姿推进舱制动，神九进入返回轨道。当高度140公里左右时，推进舱执行最后一次制动之后与返回舱分离，返回舱配平攻角后以再入升力式进入大气层，依靠稠密的大气层和4重降落伞减速后着陆。
神舟九号在返回过程中是依靠反推发动机和减速伞进行减速的。
