你好，你克隆过未知的基因吧？我也要克隆一个未知基因。我有以下疑问：

对比基因，建议你还是从蛋白入手。毕竟基因本身保守不保守或者序列如何并没有意义。基因存在的真正意义绝大多数还是靠表达蛋白来完成对性状的控制。有了基因序列就能得到氨基酸序列，然后通过氨基酸比较就会很有说服力，而且结果更明显。
关于鱼类的基因设计较少，我做的多数还是癌细胞和微生物的，也有一部分病毒。建议你看看不同生物的密码子偏好，多利用鱼和水生生物的的序列来设计简并引物。至少在我做过的来说，人源基因3-4对就基本没什么问题，至于鱼的，同源性上肯定是个问题，至于5对够不够我也说不太好。
关键最后的比较看你要做到什么程度，如果就是提全DNA，PCR，然后分离测序的话，应该很快的，顺利的话1-2两周应该没有问题，但要看测序公司的效率。

1、在Genbank中找其他相关物种的序列是可以的，80%也够用，只要找到合适的保守区域就行。
2、简并引物设计5对也够，先试试，不够再找其他区段设计，其实“每对简并引物”中含有的真实引物成百上千，计算一下，尽量不要超过1000。
3、拿到全长基因需要多长时间不太好确定，一切顺利，拿到全长一个月足够，这里有运气的成分，如果一旦有条带，一定要马上测序，不要寄希望下次再扩增，有时可能就扩不到了。还有就是条件允许，建议同时做2-3个基因，不要吊在一棵树上。
这个过程要有一颗坚强的心，会被打击N次，祝你顺利

可以通过其他物种的信息比对设计引物，但要从蛋白下手。5对够了。先试试看，不行再设计就是了。拿到全长看你全长多长了。