namd是什么意思

在动力学模拟分析中,很基本的一项分析就是RMSD值的求算。RMSD值即均方根偏差（Root Mean Square Deviation）。在统计学上，这个量就相当于标准差,反映的是数据偏离平均值的程度。在蛋白质结构解析，模建，结构联配(structure alignment）以及分子动力学模拟中，RMSD值是非常常用的一项参数,用于衡量原子偏离比对位置的程度。

在本例中，RMSD值反映的是泛素各个部分原子偏离平均位置的程度，也就是各原子运动幅度的大小。RMSD值越大，说明该原子的运动的空间范围越大,原子的空间位阻也就越小。原子α在某一段时间Nt内的RMSD值求算公式为:

Nt是时间段，以步长为单位。

VMD提供了很多分析工具。其中一个工具NAMD Plot 插件可以用于处理输出文件，然后由进行作图。我们下面就用这一工具分析动力学模拟过程中整个蛋白的RMSD值的变化。这个值是各原子RMSD值的总和。计算时，我们需要使用动力学模拟过程输出的轨迹文件:ubq_ws_eq。dcd

首先，让我们简单看一看NAMD plot是怎样作图的.

1、运行VMD主程序。

2、在VMD主窗口选择菜单项Extensions→Analysis→NAMD Plot。

3、在 NAMD Plot窗口选择File→Select NAMD Log File,在弹出的文件浏览窗口中找到namd-tutorial/1—2-sphere/bq_ws_eq。log，打开这个文件.

4、在NAMD plot 窗口中显示出很多热力学参量（图）。其中TS代表Time Step,BOND代表键能等等.这些变量都可以用于作图。例如：点击选择参数TEMP，然后选择 File → Plot Selected Data。这样我们就得到了随着时间变化温度的变化关系。