A、叶绿体基质进行暗反应，需消耗ATP，不能合成ATP，A正确；B、叶绿体基粒进行光反应，可形成ATP，B错误；C、有氧呼吸和无氧呼吸的第一阶段在细胞质基质，可形成ATP，C错误；D、线粒体基质进行有氧呼吸的第二阶段，可形成ATP，D错误．故选：A．
