结局：戴斯蒙等人掘出纹章后终能进入密室最深处，朱诺也现身指示戴斯蒙启动其所指之台座以拯救地球免被耀斑摧毁，但此时“第一文明”成员弥涅耳瓦（Minerva）现身警告触及台座不但会夺去戴斯蒙性命，且会释放朱诺让她征服世界：当年“第一文明”与人类发生战争时朱诺因企图把本用于拯救世界的机械满足一己私心而被囚禁。
朱诺解释如果耀斑摧毁地球，戴斯蒙及少数幸存者会在残存之世界中成为宗教象征，但其理念将被错误诠释而导致人类重回愚昧。戴斯蒙最终选择朱诺所示之世界，并在启动台座后死去，地球逃过被毁灭的命运同时朱诺也被释放，向倒地的戴斯蒙道谢后表示将会“扮演自己的角色”。
1783年美国独立战争结束，康纳发现其村落所属土地被出售作为战争赔偿；英军其后完全撤离美国，但康纳在民众为其国家取得独立和自由欢呼之际看见码头一方有贩子正在出售奴隶。（剧终）
注：现代刺客及现代圣殿骑士团事迹在后继作品《刺客信条IV：黑旗》续有叙述。
扩展资料：
《刺客信条IV：黑旗》剧情简介——
游戏主角是爱德华·肯威，在成为刺客前乃一名威尔士海盗。爱德华也是《刺客信条III》两名主角海尔森·肯威的父亲以及拉顿哈给顿的祖父。
《刺客信条IV：黑旗》剧情承接前作《刺客信条III》结局，现代刺客戴斯蒙·迈尔斯为保护地球免受闪焰摧毁而牺牲，其尸体被跨国制药公局Abstergo抽取基因样本上载至云，使与之没有血缘关系的人也能透过基因记忆追溯机器“Animus”追溯其祖先之记忆。
作为一名Abstergo 旗下部门Abstergo Entertainment 之新晋员工，部门主管希望玩家能进入活跃于海盗黄金时代之刺客爱德华·肯威的记忆，为新互动电影作资料搜集（真正目的是寻找人类以前“第一文明”（First Civilization）之机器“观测台”的所在地）。
1715年，爱德华杀死了一名准备投诚圣殿骑士团之刺客，其身上信件指示前往哈瓦那与总督劳雷亚诺·托勒斯及其秘密组织会面，爱德华为信上所言的报酬心动而冒充该刺客前往与众人会面，得悉圣殿骑士欲联同英国；
西班牙和法国以打击加勒比海海盗之名寻找一名能协助它们掌握“观测台”位置之圣人巴沙洛缪·罗伯茨。爱德华不但使当地刺客组织陷入劣势，其后亦因身份败露而被带走囚于船上。爱德华逃离监禁后释放多名海盗及夺得一艘西班牙双桅横帆船，随后将之命名为“寒鸦号”。
结局就是，在2012末日来临前，有2个可以拯救人类的方法，即，
1 朱诺（就是控制戴斯蒙杀露西的那个）的方法，人类都会活下来，但是会被控制。
2密涅瓦的方法（AC2里ezio在教堂的密室里遇到的那个），大部分人类都会死，只有像戴斯蒙这样的一类人会活下来，这样大家都会获得自由。
最终戴斯蒙认为还是大家一起活下来好，就选择了方法1，但是启动这个装置需要能量，于是，戴斯蒙就牺牲了自己，就死了，把朱诺放出来了，所以，最后她会说接下来看我了。
最终2012到来了什么也没发生，大家只看到山洞上方的奇异现象，却不知道戴斯蒙的牺牲。
如果你不到刺客信条这个系列的剧情的话，可以去网上搜《7分钟弄懂刺客信条》，里面讲的很清楚。
这是一个阴谋 很明显 Ezio遇到的那个女神（叫啥我忘了） 和最后指引Desmond的女神不是一伙的 她们分别向Desmond提供了不同的做法
前者是不碰那个发光物 让地球经历太阳风暴 然后让Desmond带着幸存者开始新的地球建设（循环） 但Desmond不会死
后者是碰那个发光物 拯救地球 但会让Desmond经受莫大的痛苦（都冒烟了）并死去 而且还会放出这个先行者的灵魂（就是杀死Lucy的那个juno） 可能重新奴役人类
可以知道的是地球被拯救了 Desmond也死了 而且juno最后的话也预示着她要统治地球（扮演我的角色）
等4吧
意思是你可以等刺客信条4发行了。
刺客信条3完成了戴斯蒙的故事，但续集还是要有的，只是主人公换了。
说白了两个幻影还是一个代表刺客 一个代表圣殿骑士。结局让你选是拥有自由意志让少数幸存者重塑世界 还是让世界被朱诺控制以求多数人的生还。显然主角戴斯蒙最终以死亡换取了圣殿骑士的"秩序与拯救"
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