税金不能直接从货款扣。
根据《增值税专用发票使用规定》，客户要求退货但取得的增值税票已经抵扣的情况下，应由客户方向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》，主管税务机关对《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》，客户必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出。作为销售方，凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。
这种情况建议跟对方协商，如果对方同意这种做法是可以的，则对方抵扣的那张有多少税款就扣多少货款；如果对方不同意这种做法，可向税务局申请红字发票，让对方申请已经抵扣的那种红字发票，税务局审核通过后开具红字发票，然后再开出一张实际销货金额的增值税发票即可。
你们不能从货款中直接扣税金，你方需要给对方开具红字专用发票，作为你们销项税额的减少
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