A、色素能溶解在酒精或丙酮等有机溶剂中，所以可用无水酒精等提取色素；分离色素原理：色素在层析液中溶解度越大，在滤纸上扩散速度越快，A错误；
B、盐酸在观察细胞有丝分裂实验和低温诱导植物染色体数目的变化过程中的作用都是解离，使组织细胞分离开来，B错误；
C、酵母菌的有氧呼吸、无氧呼吸均产生二氧化碳，不能用是否产生二氧化碳来确定呼吸方式，C错误；
D、萨顿运用“类比推理法”提出基因在染色体上的假说，摩尔根用假说演绎法证实了基因在染色体上，D正确．
故选：D．
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