起诉昌平区政府的行政诉讼案件，依法应当由中级法院管辖。
根据北《北京市高级人民法院关于我市中级人民法院管辖调整有关问题的规定（暂行）》的规定，起诉昌平区政府的行政诉讼案件，由北京市第一中级人民法院管辖。
《行政诉讼法》第十五条 中级人民法院管辖下列第一审行政案件：
(一)对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件;
(二)海关处理的案件;
(三)本辖区内重大、复杂的案件。
(四)其他法律规定由中级人民法院管辖的案件。
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