A、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是分子间隔发生变化，故A错误；
B、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是物质状态发生改变，故B错误；
C、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，故C正确；
D、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是物质颜色发生变化，故D错误．
故选：C．
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