A、噬菌体是病毒，是营活细胞寄生生活的生物，不能直接在培养基上培养，所以原料来自细菌而模板来自噬菌体，A正确；
B、被感染的细菌（含有子代噬菌体的细菌）在下层的沉淀物中，噬菌体颗粒的质量较小，在上层的上清液中，细菌在沉淀物中，实验说明DNA是遗传物质，而不能是主要，B错误；
C、噬菌体作为实验材料的原因是成分只有蛋白质和DNA，而且注入的过程可以将蛋白质和DNA分离，进而单独的直接的观察各自的作用，C正确；
D、噬菌体需分别用含35S和32P标记的大肠杆菌培养，所以该实验采用了放射性同位素标记法，D正确．
故选：B．
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