现阶段发的林权证当然有效了。凡是国家机关颁发的,一般都是有效的。现在农村的林地应该都是分到小组了,登记的时候也应该是登记的小组的。如果原来是属于小组的,现在登记成了村里的,要么是登记机关搞错了,要么是村里搞鬼了。不管如何,原来的小组都可以去登记机关要求撤销错误登记,重新登记。如果登记机关不改,可以提起行政诉讼,要求变更登记。