五界系统的优点是在纵向显示了生物进化的三大阶段，即原核生物、单细胞真核生物（原生生物）和真核多细胞生物（植物界、真菌界、动物界），同时又横向显示了生物演化的三大方向，即光合自养的植物、吸收方式的真菌和摄食方式的动物。五界分类系统的依据主要为营养方式、形态和细胞结构。随着科技的发展，在20世纪70年代，伍斯等人对60多株S 类rDNA序列的测定和比较分析，最终确定了三域理论。三域理论的建立和发展，不仅从分子水平上对生物分界的划分进行了新的探讨，而且对于研究生明的起源和生物进化也具有重要科学价值。
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