单酶切要想防止自连,最好的办法是把载体酶切产物脱磷酸。脱了磷酸的载体就无法自连,它只能和目的片段连接。 如果不想脱磷,可以在连接反应体系中加大目的片段的数量,提高阳性克隆的比例,但这不能完全避免自连。 不过最好的办法还是做双酶切。单酶切连接实在麻烦。
这个你单酶切最好是要过夜,而且跑电泳尽量时间长一些,如果有一条带,就说明差不多完全切开了,如果害怕不安全,可以把这条带切胶回收纯化,用纯化后的连接,自连的可能性会小一些