在真核生物的基因组中，每个SSR序列的基本单元重复次数在不同基因型间差异很大，因此形成其座位的多态性，并且每个SSR座位两端有一段保守的DNA序列，可以根据此保守序列设计引物，利用PCR技术进行扩增，然后用高浓度琼脂糖凝胶或变性聚丙稀酰胺凝胶电泳进行分析。由于SSR多态性是由简单序列重复次数的差异引起的，因此在扩增的PCR带上会出现小片段或不连续的带。由此可见，SSR分子标记的基本原理就是要了解SSR座位两侧的核苷酸序列，寻找其中的特异保护区。
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