对于以前建的老厂房及商铺没有证件的依照法律规定应该怎么处理?

商铺房屋所有权是永久的。
商铺的土地使用权是40年。咨询400~000~9164
满了39年，也就是到期前一年，商铺所有人要向国土部门申请续期，补交土地出让金后继续使用。
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新华网北京10月4日电（记者罗宇凡、华晔迪）商品房70年土地使用权到期之后，我们的房子该怎么办？是自动续约再延长几十年的使用权，还是根据当时的地价补缴土地出让金，或是还有其他新办法？在“以房养老”政策开始在一些地区试点时，“房子70年后怎么办”的问题再次变得迫切和现实起来。
一场未完成的土地制度改革
1990年5月19日中华人民共和国国务院第55号令《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》发布并施行，该条例第十二条规定：土地使用权出让最高年限按下列用途确定：居住用地70年。国家规定，城镇建设用地土地实行国有、个人和企业可以有偿使用以及交易使用权。
尽管现在“70年土地使用权”的问题饱受争议，但回顾我国改革开放的历史不难发现，从禁止土地租赁、买卖，到允许土地使用权的出让、买卖，这无疑是市场经济发展过程中的一个里程碑式的进步。“住宅用地70年土地使用权”也正是土地制度改革重要的成果之一。
不过，从我国相关法律制定之初到现在，二十多年过去了，由于当时的法律、法规并没有过多涉及70年之后的问题，而随着很多商品住宅“年龄”的增高，原本要留给未来解决的问题开始变得十分迫切，这场始于二十多年前的土地制度改革也急需新的注脚和更加完善的体系。“70年后土地使用权怎么办”，不仅是购房者关心的个人问题，同样也是中国土地制度改革继续发展完善所必须回答的问题。