只在超市上货，办理了营业执照和税务登记证，现在税务局通知要求缴税？

您好，你可以参考以下文件：您经营的蔬菜是免税的。所以虽然办理了国税税务登记，但是可以申请免税，在税务机关备案即可。
《财政部、国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》

文号：财税[2011]137号　　状态：有效　　发文日期：2011/12/31
经国务院批准，自2012年1月1日起，免征蔬菜流通环节增值税。现将有关事项通知如下：

　　一、对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税。

　　蔬菜是指可作副食的草本、木本植物，包括各种蔬菜、菌类植物和少数可作副食的木本植物。蔬菜的主要品种参照《蔬菜主要品种目录》（见附件）执行。

　　经挑选、清洗、切分、晾晒、包装、脱水、冷藏、冷冻等工序加工的蔬菜，属于本通知所述蔬菜的范围。

　　各种蔬菜罐头不属于本通知所述蔬菜的范围。蔬菜罐头是指蔬菜经处理、装罐、密封、杀菌或无菌包装而制成的食品。

　　二、纳税人既销售蔬菜又销售其他增值税应税货物的，应分别核算蔬菜和其他增值税应税货物的销售额；未分别核算的，不得享受蔬菜增值税免税政策。

　　附件：蔬菜主要品种目录

说的对，一旦办理了独立的税务登记，你就是独立的纳税人了，需要按你自己的税务登记进行申报纳税。

1、可以找超市协商，蔬菜、水果销售收入为代收销售，要求超市不申报不代扣。
2、把你的执照改为超市的分支机构，汇总申报纳税。