嫁接属于无性繁殖,能保持接穗的性状,砧木不会对接穗的遗传产生影响.果肉是由母本的子房壁发育形成的,“以基因型为Aa的水蜜桃为接穗,嫁接到相同基因型的水蜜桃砧木上”,嫁接成活后所结水蜜桃果肉细胞的基因组成应该与接穗相同,仍为Aa.故选:D.