其实您的要求比较简单，写一个批处理merge.bat，与所有子文件夹放在同级文件夹下。
@echo off
@if not exist %3\. @md %3
@move /y %1\* %3\
@move /y %2\* %3\ /y
@echo %1和%2 中的文件已经移动到%3中了。
以上批处理就能实现您的要求了，在cmd中进入子文件夹所在的文件夹，后输入：
merge.bat 20160425 20160425-26 201604
20160425和20160425-26中的文件就会移动到201604中，如果201604不存在，该批处理会自己先建立，执行后两个源文件夹中的文件就不存在了。如果您只是希望拷贝，就把批处理中的move改为copy就行了。
如果按照移动的方式执行，您希望执行批处理后删除源文件夹，可以在批处理最后再添2句：
@rd %1
@rd %2
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