整体实力和声誉来说，是南京大学高于南开大学，南开大学以前很辉煌，现在基本上在前十名大学排名中看不到南开大学了，而南京大学一直是国内排名前十以内的大学。并且高考录取分数线一般也是南京大学高于南开大学。当然具体到专业上有所差异，有的专业南开大学比南京大学强，如经济学，化学等。
