从你的描述来看，是要做功能研究。有这样几个思路：第一，先分析该蛋白的氨基酸序列，看有无DNA结合区。和其他的转录因子有无功能同源区。第二，证实该蛋白有转录活性。分别overexpress或者silence后，做差减PCR，筛查下游基因。第三，证实该蛋白有DNA结合能力。找到下游基因，或者发现同源转录因子后，做gel shift 实验。
把这个蛋白的基因沉默掉看看目的基因还能不能表达
