根据《个人所得税法实施条例》（以下简称《实施条例》）第四十条规定： 税法第九条第二款所说的特定行业，是指采掘业、远洋运输业、远洋捕捞业以及国务院财政、税务主管部门确定的其他行业。
《实施条例》第四十一条规定： 税法第九条第二款所说的按年计算、分月预缴的计征方式，是指本条例第四十条所列的特定行业职工的工资、薪金所得应纳的税款，按月预缴，自年度终了之日起30日内，合计其全年工资、薪金所得，再按12个月平均并计算实际应纳的税款，多退少补。
因此，远洋运输业船员应当由所在公司代扣代缴个人所得税，实行按月预缴，年终汇算清缴，多退少补。
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