A、安康羊的短腿性状是由遗传物质控制的，可以遗传给后代，错误；B、在水肥充足的条件下，小麦果实饱满的变异是环境是改变引起的变异，是不可遗传的变异，不能遗传给后代，正确；C、染色体结构和数目的变异，是由遗传物质改变引起的，可以遗传给后代；错误；D、通过杂交重组在一起的控制优良性状的基因组合，是由遗传物质改变引起的，可以遗传给后代；错误；故选：B．
