上海交通大学物理系现设有“凝聚态物理学科”和“光学学科”两个国家重点学科。具有物理学一级学科博士学位授予权和光学工程一级学科博士学位授予权。设有物理学和应用物理学两个本科专业，内设五个方向：粒子物理与宇宙学，凝聚态物理学，理论物理学，光学，应用光学。物理系实行按系招生入学。前二年不分专业，三年级按自愿原则进入相应的专业。
