A、噬菌体属于病毒，细菌属于原核生物，两者结构简单、繁殖快，A错误；B、35S标记的是噬菌体的蛋白质外壳，噬菌体侵染细菌时，蛋白质外壳留在外面，子代噬菌体不含放射性，B错误；C、用32P标记的噬菌体的DNA，侵染细菌后经过搅拌、离心后检测，放射性主要分布在沉淀物中，C错误；D、该实验的设计思路是将DNA与蛋白质分开，单独的、直接的观察它们在遗传中作用，D正确．故选：D．
