县级一般是由县卫计局(原卫生局)下属单位县新型农村合作医疗管理局(管称新农合或合管局)主管，乡镇级一般设在乡政府或乡镇卫生院下设科室合管办。
农村合作医疗归县医疗机构管理，村镇的由村镇中心医院管理
社会保障局
