合同款为10万，确认收入的金额应为97087。
1、开具增值税发票时；
金额处填写97087，税率处填写3%，税额处填写2913。
这样发票的价税合计处金额为10万元正。
2、确认收入时会计分录：
借：银行存款 100000。
贷：主营业务收入 97087。
应交税金-增值税 2913。
如果10万说的是含税金额，暂按17%的常用税率计算，税款是：100000/1.17*0.1714529.91。
如果10万是不含税金额，税额＝100000*17%＝17000。
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