部门法规？你要表达的应该是部门规章吧。
如果地方性法规和部门规章就同一事项规定不一致时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，则由全国人大常委作出裁决。
这个时候，就遵守特殊法优于普通法，低级别服从高级别了，另外，宪法是母法，任何时候都不应该忘记的。
什么部门。。。。要是各单位的小部门，那肯定要服从当地法规。
如果这个部门是国家机关，那肯定是地方服从国家机关的，国家机关就相当于使馆一样进驻地方的。又因为，所有地方法规必须服从于国家的《宪法》，所以地方服从国家机关是必须的。
具体的以地方性法规为准，部门法规的建立应该是在地方性法规的基础上的
步枪子弹招呼，胆敢和地方斗争，地方大啊，服从，要是地方与国家有冲突，那地方服从
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