按照国家标准《水功能区划分标准》，
《区划》分为两级体系。一级区划在宏观上调整水资源开发利用与保护的关系，协调地区间用水关系，同时考虑持续发展的需求；共分为四类，即保护区、保留区、开发利用区、缓冲区。二级区划在一级区划的开发利用区内，细化水域使用功能类型及功能排序，协调不同用水行业间的关系，具体划分为饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区、排污控制区七类。
《区划》共划分全国重要江河湖泊一级水功能区2888个，区划河长17.8万km，区划湖库面积4.3万km2，其中开发利用区的个数、河长所占比例约40%，面积所占比例为15.7%。将一级区划中的开发利用区进一步划分成二级水功能区2738个，区划长度7.2万km，区划面积6800km2，其中农业用水区、工业用水区和饮用水源区的累计河长比例较大，分别占二级水功能区划总河长的45%、21%和18%。全国一、二级水功能区合并总计为4493个（开发利用区不重复统计），81%的水功能区水质目标确定为Ⅲ类或优于Ⅲ类
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