畜禽污染防治应遵循以下五大原则。
(1)减量化原则
鉴于我国畜禽养殖业迅速发展、污染排放大的特点，在畜禽污染防治上首先应该强调减量化原则，即通过养殖结构调整及开展清洁生产减少畜禽粪污的产生量。可从养殖生产工艺改进人手，采用“清污分流，粪尿分离”，如通过雨污分离、干湿分离、饮排分离等手段减少污染物的数量。采用用水量少的干清粪工艺，减少污染物的排放总量，降低污水中的污染物浓度，从而降低处理难度及处理成本，同时也可使固体粪污的肥效得到最大限度地保存和处理利用。也可以从饲喂的角度出发，通过改进饲料加工方法或在饲料中添加蛋白酶等手段，提高畜禽对饲料营养物质的消化率和利用率。
(2)资源化原则
资源化利用是粪便污染防治的核心内容。畜禽粪便同许多工业污染源不同，畜禽粪便是一种有价值的资源，经过处理后可作为肥料、饲料、燃料等，具有很大的经济价值。畜禽粪便含有农作物所必需的氮、磷、钾等多种营养成分，是很好的土壤肥料来源。未被利用的畜禽粪便大量流失，不仅污染了环境，而且造成了资源的巨大浪费，同时也降低了土壤肥力和农产品质量。利用好畜禽粪便资源可以提高农产品质量，增加产品竞争力。所以对畜禽污染防治要提倡畜禽粪便资源化和综合利用的方法。
(3)无害化原则
畜禽粪便中含有大量的病原体，会给人、畜带来潜在的危害。所以在利用之前要进行畜禽粪便和污水无害化处理，使其在利用中不会对牲畜产生不良影响，不会对作物产生不利因素，排放的污水和粪便不会对地下水和地表水产生污染等。
(4)生态化原则
根据物质循环、能量流动的生态学基本原理，将畜牧业回归农村，促进种植业与畜牧业的紧密结合，以农养牧，以牧促农，实现生态系统的良性循环，是我国解决畜禽养殖问题的主要途径，也是我国实现农业可持续发展的必经之路。将粪便堆肥生产出有机肥，施用有机肥可提高土壤有机质及肥力，改造土壤结构，并能维持农作物长期优质高产，同时实现生态系统的良性循环。
(5)产业化原则
畜禽粪便收集和处理可采用产业化和专业化模式，吸引社会各界投资，这种社会化服务是社会发展的趋势，固体粪便堆肥、污水处理产业化不仅可以为畜禽养殖场解决污染问题，而且可为绿色食品生产提供可靠的物质保障，并通过出售有机肥提高经济效益，同时也可以为农民创造就业机会。
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