（1）喷施。
可将沼气水肥澄清液用于喷施，由于喷施的效率高、省工省力，一般用于农作物追肥，每667米2施用沼肥量为1500～2500千克。（2）洒施。
把沼气水肥装入粪罐车往农田洒施并应立即进行翻耕，这样有利于水肥与土壤较快结合和养分被土壤吸收，防止损失沼肥的养分，洒施一般做追肥或底肥，施肥量每667米2为2500千克左右。（3）浇施。
有灌溉条件的农田、菜园可结合农田灌溉、浇施沼气水肥。这种方法的特点是：沼肥养分与水结合在一起能均匀灌到土壤中，有利于农作物很快吸收，节省施肥用工，浇施沼气水肥要求土地平整，施肥时可在水渠口将沼气水肥均匀地混入灌溉水中，浇施沼气水肥的数量与流水的速度要配合好，要达到所浇地块施肥量均匀。这种方法适合给农作物做追肥，每667米2施肥量为1500千克左右。（4）沼渣肥。
可做底肥（基肥）直接施入土壤中。每667米2施肥量为2500千克左右。
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