不同的覆土材料，由于持水性、透气性及其微生物区系（微生物种类与数量）等理化性状的不同，将直接影响蘑菇的产量和质量。理想的覆土材料是经过调配的泥炭土。现在世界上许多国家都用泥炭土作为覆土的主材料，可获得较高的产量。其他如壤土、黏土、河泥、地表深层的生土等都可作为双孢蘑菇的覆土材料，持水能力越大的材料越好。
泥炭土物理结构疏松，吸水性强，保水性好（含水量可达80%～90%），病虫杂菌少，便于双孢蘑菇菌丝向土层中生长，有利于正常结菇。泥炭土的覆土方式是一次性覆土，厚度为2.5～3厘米。
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