A、达尔文的向光性实验，还没有证明引起植物弯曲生长的刺激是什么，A错误；B、沃森和克里克研究DNA分子结构时，建构的是物理模型，B错误；C、摩尔根是通过果蝇杂交实验直接证明了基因位于染色体上，而不是用类比推理的方法，C错误；D、林德曼通过对赛达伯格湖的研究发现了能量流动具有单向、逐级递减的特点，D正确．故选：D．
