1.区域不同。省设于一般性地区，一般人口众多。将军辖区设于边疆重地－－尤其是民族区域，地广人稀；
2.官制不同。省下设巡抚、布政使、按察使、提督等，下辖府、州、县以知府、知州、知县等为长官，重要地方设管一省或数省的总督。将军辖区设将军、都统、副都统、参赞大臣、办事大臣等，下辖各镇，以总兵统之（人口多个别辖区设州县，一统于将军）。将军的官品一般比巡抚要高。
3.管理方式不同。地方行省采用行政管理方式，以管民为主，兼以军事。其驻军一统于中央，不受府、厅、州、县节制。将军辖区以军事管理为主，兼以民事，其地方管理官员一统于将军。
4.官员任免制度不同。省以下的各级官员由吏部考核任免，将军辖区的官员则由兵部任免。
将军辖区不设督、抚，因为居民极少，有的将军辖区则不设州县，由将军统辖下的驻防机构兼管民政
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