去大厅申报都是可以刷卡的，如果是税务局系统出问题了，那么他会打税款单给你让你去银行下账，不过一般都是可以刷卡的，持卡人没有风险的
一般都是银行直接划款或者对公窗口交现金，很少有刷卡的
三证合一后，我们这里税局做了新旧税号关联，不需要重新签订三方协议你可以电话问一下你们专管员，或者咨询你们所属税局或者咨询税控单位，看看哪里可以添加扣税的银行账号
