1997年医院在成为南京医科大学的教学医院之后，又相继成为南通大学医学院的教学医院和东南大学医学院附属医院。1999年医院被南京市卫生局评为“白求恩杯”竞赛先进单位；2000年7月获南京市物价局、卫生局、医药管理局“药品价格信得过单位”。
